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| De Carvalho Augusto, Ronaldo; Rey, Oliver; Cosseau, Céline; Chaparro, Cristian; Vidal-dupiol, Jeremie; Allienne, Jean-françois; Duval, David; Pinaud, Silvain; Tönges, Sina; Andriantsoa, Ranja; Luquet, Emilien; Aubret, Fabien; Dia Sow, Mamadou; David, Patrice; Thomson, Vicki; Joly, Dominique; Gomes Lima, Mariana; Federico, Déborah; Danchin, Etienne; Minoda, Aki; Grunau, Christoph. |
| We describe here a protocol for the generation of sequence-ready libraries for population epigenomics studies, and the analysis of alignment results. We show that the protocol can be used to monitor chromatin structure changes in populations when exposed to environmental cues. The protocol is a streamlined version of the Assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) that provides a positive display of accessible, presumably euchromatic regions. The protocol is straightforward and can be used with small individuals such as daphnia and schistosome worms, and probably many other biological samples of comparable size (~10,000 cells), and it requires little molecular biology handling expertise. |
| Tipo: Text |
Palavras-chave: Epigenetics; Epigenomics; ATAC-seq; Daphnia pulex; Schistosoma mansoni. |
| Ano: 2020 |
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00681/79353/81859.pdf |
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| Silva,Jeannette; Torrejón,Guillermo; Bay-Schmith,Enrique; Larrain,Alberto. |
| Los bioensayos de toxicidad, como cualquier instrumento analítico, requieren ser calibrados contra un patrón, el tóxico de referencia. Aunque el instrumento, en este caso los organismos de prueba, no puede ser ajustado a una respuesta esperada, la calibración permite aceptar o rechazar los organismos de prueba cuando provienen de una población cuya respuesta ante el tóxico de referencia está dentro o fuera del rango determinado para ese compuesto químico. El estudio de calibración que aquí se expone determina la precisión y exactitud intralaboratorio (Laboratorio de Bioensayos, Universidad de Concepción) alcanzadas en la ejecución del bioensayo de toxicidad aguda con Daphnia pulex De Geer 1877 (Crustacea: Cladocera) mediante la determinación de la... |
| Tipo: Journal article |
Palavras-chave: Toxicidad aguda; Daphnia pulex; Bicromato de potasio; Bioensayos; Calibración; Tóxico de referencia. |
| Ano: 2003 |
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-65382003000100011 |
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